Nasceu em 1542 em Fontiveros, província de Ávila, na Espanha. Gonzalo, pai de São João da Cruz, faleceu quando ele ainda era uma criança. Ele não encontrava acolhimento nos membros de sua família paterna, que não os reconheciam parentes, pela origem humilde de sua mãe. Por isso, a viúva, desprezada pela família do marido e obrigada a trabalhar para sobreviver, mudou-se com os filhos para a cidade de Medina. Por suas aptidões, João tornou-se empregado do diretor do Hospital de Medina del Campo. Ingressou na Ordem dos Carmelitas aos 21 anos de idade, em 1563, recebeu o nome de Frei João de São Matias, em Medina del Campo. Em 1567 ordenou-se sacerdote, aos 25 anos. Nessa ocasião, mudou seu nome para João da Cruz, pois já tinha o desejo de se aproximar dos sofrimentos da cruz de Cristo . Por causa disso, achava a Ordem dos Carmelitas muito suave, sem austeridade. Pensou, inclusive, em entrar numa congregação mais austera. Foi nessa ocasião que Madre Tereza de Ávila atravessou seu camin